Попробуйте сделать следующее - скачайте свежий SWFObject и опубликуйте флешку с помощью динамического метода.
Вот здесь описано, как (глава "Динамический метод публикации с помощью SWFObject"). С ним никаких проблем не возникало ни в каких браузерах. Кроме IE9 - сказать просто не могу - не было возможности проверить в своих проектах. Но жалоб не поступало.
Вот пример одного старого проекта со 100% по ширине и высоте, проверьте как он в IE9 будет. Если ок, возьмите за основу код публикации.
PS. Вообще, подозреваю, что проблема может быть оттого, что 100% высоту не все браузеры могут корректно отразить. То есть <div> с неопределенными размерами (или = 100%) по сути пуст до публикации в нем <object>. Как точно тот или иной браузер производит рендер в этой ситуации, не могу сказать, но как вариант попробуйте задать 100% размеры обрамляющему блоку (в примере выше так и сделано).