[Wolsh]

var s:S1=new S1();

Вы создали один экземпляр класса S1.

for(i=0;i<3;i++)
{
a[i]=s;
addChild(a[i]);
a[i].y=i*100;
}

Вы создали массив с тремя ссылками на этот экземпляр. То есть а[0], a[1] и a[2] указывают на один единственный объект. В си не так?)))))))))
Как надо было:

for(i=0;i<3;i++)
{
   a[i]=new S1(); // в цикле создаем столько объектов, сколько нужно.
   addChild(a[i]);
   a[i].y=i*100;
}