Не, я у себя все отключил.
Мистика какая-то.
Дело именно в

Код:
allowFullScreenInteractive: "true",
IE9 почему-то его не понимает.
Или swfobject неправильно ему этот параметр скармливает.
Добавлено через 20 часов 36 минут
В общем, победить не удалось. В итоге смотрю Capabilities.playerType и если ActiveX, то включаю StageDisplayState.FULL_SCREEN, а не StageDisplayState.FULL_SCREEN_INTERACTIVE.
У меня есть смутное подозрение, что версия swfObject 2.2, которой мы все пользуемся, от 2009г., а IE9 вышел существенно позже и они там что-то существенно поменяли (по их же словам), поэтому и глюк.
Воспроизводится очень просто. Грузим приложение, проверяем переключение StageDisplayState.FULL_SCREEN_INTERACTIVE и обратно, обновляем страницу браузера, пытаемся еще раз отработать StageDisplayState.FULL_SCREEN_INTERACTIVE и получаем глюк. Проверялось на приложении ВК, так что там еще может что от их собственной js-обвязки зависит. Но с StageDisplayState.FULL_SCREEN никаких проблем нет, все работает как часы.