можно подписывать на ENTER_FRAME не контейнер, а самих бумов, ну и проверять/удалять соответственно экземпляры, от которых пришло событие

Код AS3:
boom1 = new Boom();
addChild(boom1);
boom1.addEventListener(Event.ENTER_FRAME, checkboom);

Код AS3:
private function checkboom(e:Event):void
{
var boom:Boom = e.target as Boom;
if (boom.currentFrame == boom.totalFrames)
{
removeChild(boom);
boom.removeEventListener(Event.ENTER_FRAME, checkboom1);
}
}