[illuzor]

Конечно же на нативных языках производительность будет лучше.
Но если писать на as3, не нужно писать с нуля два раза. Один и тот же код, возможно, с небольшими доработками, будет работать на обеих платформах.
Выбор только за вами. Пишите на том, что более оправдано в вашем случае.