[Krusty]

Попробуй сделать через externalinterface мост js-> swf и зарегистрировать функцию. и в js дергать ее ну там раз 60 в секунду. Поскольку обязателен ответ, то по идее флешка останется активной.
Правда, не уверен, что во всех браузерах выйдет для неактивного окна так часто отрабатывать таймеру.