[Zebestov]

В документации не указано, что аргумент метода hitTestObject должен быть объектом, расположенным на сцене. Отсюда true при сравнении и ошибка при попытке удалить со сцены то, чего на сцене нет.

Интересно, а такой код тоже выдает ошибку?

private function collisions():void {
	for (var i = 0; i < Bullets.length; i++) {
		var temp:int = knowzombi(i); // temp в условии ниже будет равна номеру зомби в массиве, который столкнулся с пулей i
		if ((Zombies[temp] as DisplayObject).hitTestObject(Bullets[i])) { //проверка столкновения пули и зомби
			trace("Попал");
			removeChild(Bullets[i]);
			Bullets.splice(i, 1);
			removeChild(Zombies[temp]);
			Zombies.splice(temp, 1);
		}
	}
}