Krusty, 100% высоты в данном случае — это всего лишь высота видимой части HTML документа.
Мекс, ответ кроется внутри. Чтобы добиться точного прилегания флешки к краям документа при любых его пропорциях, необходимо указать

Код AS3:
stage.scaleMode = StageScaleMode.NO_SCALE;
и после этого самостоятельно позиционировать элементы, опираясь на размеры, которые займет флешка в каждом конкретном случае. Значения эти хранятся в полях

Код AS3:
var currentStageWidth:int = stage.stageWidht;
var currentStageHeight:int = stage.stageHeight;
Это единственный способ заполнить все отведенное флешке пространство, сохраняя пропорции отображения.