[expl]

private var _stopTime:Number = NaN;
...
function ACTIVE_BOT (e:TimerEvent):void
{
        if (!isNaN(_stopTime) && new Data().time > _stopTime)) {
                tim.stop();
        }
        trace ("работает")
}
...
public function stop(stopTime:Number):void {
        _stopTime = stopTime;
}

или

// Но тут при изменении stopTime надо будет остановить предыдущий timeout
setTimeout(stopTime - new Data().time, tim.stop);