Zebestov, caseyryan: И действительно. Внутри класса шарика есть событие Энтерфрейм, перемещающее его.
Добавил внутрь функцию убивания этого события.
Вот такую:

Код AS3:
public function kill():void
{
removeEventListener(Event.ENTER_FRAME, moveBall);
stage.removeEventListener(MouseEvent.MOUSE_DOWN, on_mouse_down);
}
И после того, как время закончилось или все кирпичики выбиты - я по-прежнему удаляю классы шариков и выполняю эту функцию kill

Код AS3:
if (ballNumber == 3)
{
_ball3.kill();
removeChild (_ball3);
_ball3 = null;
ballNumber = 2;
}
if (ballNumber == 2)
{
_ball2.kill();
removeChild (_ball2);
_ball2 = null;
ballNumber = 1;
}
if (ballNumber == 1)
{
_ball.kill();
removeChild (_ball);
_ball = null;
ballNumber = 0;
}
Однако этоне помогает. Когда несколько шариков и я выхожу со сцены - килятся не все.
Визуально удаляются все, а передвижения иногда от некоторых шариков остаются.
Выражается это в том, что если после окончания уровня сразу запустить следующий (или этот-же) уровень - иногда случается, что невидимый шарик (который не до конца удалился) с прошлого уровня начинает выбивать кубики.