[NoisyFlasher]

Честно, не пойму - зачем вы их постоянно в массив пихаете?)

Если вот так:

public function moveBalls():void {
   if (Math.random() > 0.5){
      moveX();
   } else {
      moveY();
   }
}

UPD: люди добрые, подскажите, как тут выравнивание нормально делать?)

Добавлено через 10 часов 7 минут
Кстати, в последнем примере, шарик не двигается не потому, что что-то не выбирается, а потому, что что-то не вызывается - т.е. вы высчитали a (которое, как я понимаю - индекс элемента массива), но функцию-то нигде не вызвали нужную.
Кроме того, если я правильно понял замысел, умножать нужно не на

arr.length

а на

arr.length - 1

. Иначе в определенных случаях вы будете вылетать за пределы массива.