Если я не ошибаюсь, проблема в том, что у mxmlc нет директивы include-sources.
Можно разрешить ситуацию посредством временной библиотеки.
Готовим comc-config.xml, в котором используем директиву include-sources, например, так:

Код:
<include-sources>
<path-element>@source.dir@</path-element>
</include-sources>
Готовим mxmlc-config.xml, в котором используем директиву include-libraries, например, так:

Код:
<include-libraries>
<library>@output.swc.dir@/@swc.file@</library>
</include-libraries>
После чего собираем проект ant-ом или другим подобным инструментом, указав правильную последовательность целей сборки.
Аргументы mxmlc
Аргументы compc
Другой вариант -- использовать дополнительный конфиг со списком необходимых для включения классов. Впрочем, перечислять то их все равно придется, как и в простом as-файле.
Создаем файл includes.xml.
Пишем нечто вроде:

Код:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>
<flex-config>
<includes>
<symbol>somepack.SomeClassB</symbol>
<symbol>somepack.SomeClassA</symbol>
</includes>
</flex-config>
После чего в среде разработки к опциям компилятора дописываем -load-config+=includes.xml ииии все. Все перечисленные классы будут включены как надо. Главное не забывать делать clean/refresh после изменений дополнительного конфига.
Тк у вас имена классов уже содержатся в каком-то конфигурационном файле, перегон их каким-нибудь скриптом в includes не должен вызвать трудностей.