1. Поменяй местами i и j.
Код AS3:
mRect.x =100+ j*45
mRect.y =100+ i*45
2. ColorTransform изменяет цвет и квадрата, и текста, поэтому текст никуда не пропадает, а просто сливается с квадратом. Создай внутри cube еще один мувиклип для фона, пропиши ему имя и работай уже отдельно с его колорТрансформом.
П.С.: event.target - это ссылка на текущий объект события, а не на тот объект, на который был назначен слушатель. То есть, даже если слушатель назначен на mRect, то event.target может вернуть любой дочерний элемент mRect. Например, event.target может вернуть numText. Напиши trace(event.target) и увидишь. Поэтому, чтобы получить ссылку именно на тот объект, на который был назначен слушатель, нужно писать event.currentTarget. event.currentTarget всегда будет возвращать только mRect.