https://www.coursera.org/course/db
Есть хороший курс лекций по базам данных. По крайней мере с простыми ситуациями вопросы возникать не будут.
Конкретно для MySQL есть инструмент-планировщик, помогающий визуально оценить структуру всей базы данных
http://www.mysql.com/products/workbench/ .