ATF - это формат контейнера с упавкованными в DXT, ETC, или PVRTC текстурами внутри. Как конвертировать можно почитать
здесь. Скачать утилиту для конвертирования там рекомендуют вместе со "свежим" Gaming SDK, но где-то на просторах Интернета находил ATF Tools отдельно(с поддержкой разрешения 4096х4096).
3D-движки Minko, Away3D, и Alternativa(возможно, еще какие появились) умеют работать с популярными форматами, вроде 3DS, COLLADA, obj, а это значит что может подойти любой пакет для работы с 3D-графикой, умеющий экспортировать в эти форматы. На практике обычно либо плагины экспорта оказываются глючными, либо движок некорректно импортирует, и в итоге вместо модели можно получить кривое нечто со слетевшими текстурными координатми. Так что лучше сразу искать информацию о поддерживаемых 3D-редакторах/плагинах для конерктного движка. Кроме того, у этих движков(не уверен насчет Alternativa) есть собственные форматы, с оптимизацией упаковки данных о вершинах(ускоряет загрузку, уменьшает размер) и возможностью включения в файл сжатых текстур(у Minko, например, как раз ATF) - полезно, если текстура используется один раз для одного объекта, и игра не настолько большая, что нужно беспокоиться о стриминге.