А почему просто не собрать проект в Flash Pro, создать AIR проект для мобильных устройств, и в него перетащить свои сцены?
Попробуйте экспортировать проект в swf файл, и по символам разобрать его во флекс проекте (через Embed).
Код AS3:
[Embed(source='scenes.swf', symbol='scene1')]
public var scene1:Class;