Для игры, в которой в реальном времени должен отслеживаться статус игрока (онлайн), то эта связка не совсем адекватна. Нужно использовать сокеты, а php и сокеты - это извращение. В качестве базы данных MySQL вполне хороший вариант, но вот сервер лучше написать на Java, C++ или другом языке в котором сокеты реализованы нормально.
Есть конечно такая штука как long-polling для длительного ожидания ответа от сервера, но это тоже костыльный вариант по сравнению с сокетами.
Рекомендую сначала взять готовый сервер, типа
Node.js или
http://www.unionplatform.com/