[mooncar]

Дела обстоят именно так, внутренняя анимация MovieClip не экспортируется. Используйте для контейнеров анимаций символы типа Graphics, тогда это будет происходить.
Символы Graphics, содержащие внутреннюю анимацию, должны быть определенным образом настроены в панели своих свойств в секции "Looping". При этом главный таймлайн должен "покрывать" длительность внутренних по всей протяженности.