in4core, проблема одновременной прокрутки флеш в пеппер хроме не раз поднималась на SO, и довольно известна. Проблема в том, что если у вас стоит дебаг версия флеш плеера, то это уже не пеппер флеш, и он уже работает как надо. Я как раз на этом накололся - у меня на компе в хроме стоял дебаг плагин, и в нем все работало без проблем. На других компах в офисе (причем выборочно) в хроме не работала блокировка прокрутки. Для того, чтобы нормально отладить прокрутку пришлось снести дебаг плагин и оставить родной пеппер.
Проблема есть, мы не придумываем
