[Rembrant]

Результат вечера экспериментов получился следующим.
SharedObject и EncryptedLocalStore стираются при очистке данных или кэша программы=(
Файлы, сохранённые по путям начинающимся с File.desktopDirectory, File.documentsDirectory и File.userDirectory остаются после очистки данных. Я могу их зашифровать, но не сохранить от удаления руками. Пожалуй, это самый гуманный вариант из получившихся.
Astraport, я так понял, XML и текстовые файлы, указанные Вами, всё равно нельзя скрыть от юзера?

Добавлено через 11 минут
Нарыл ещё один забавный момент - если название папки начать с '.', андроид её не видит.
А вот почему её не видит винда в памяти телефона (при том что отображает остальные папки с '.') - для меня загадка