[KumoKairo]

Как при чем, во Flash Pro есть возможность экспортировать анимацию в гиф файлы.

Попробуйте экспортировать не весь файл целиком, а только элемент в библиотеке, возможно так он захватит альфу.

Впрочем, это пальцем в небо.