[samana]

Тогда вы можете сделать немного по-другому не используя код выше. Заведите булеву переменную, которая будет указывать на включённое/выключенное автовоспроизведение. А на тех кадрах (между слайдами), где у вас команда stop, допишите условие, в котором проверяйте - включено ли автровоспроизведение. И если оно включено, то тем же setTimeout переходите на следующий слайд презентации.
код в первом кадре вашего приложения

stop();
// установка автоплей в ДА/НЕТ
var autoplayOn:Boolean=false;
// id для setTimeout, чтобы была возможно остановить его при случае
var timeoutId:Number;
 
//для кнопки включить автопоспроизведение
play_btn.onPress=function(){
	autoplayOn=true;
	play(); // тут скорее всего надо будет добавить условий
	//наслучай если презентация начинается с какого-то определённого кадра,
	//а не с начала ролика
}
//для кнопки вЫключить автовоспроизвведение
stop_btn.onPress=function(){
	autoplayOn=false;
	clearTimeout(timeoutId)
}

код в кадрах, где у вас команда stop, между слайдами

stop();
if(autoplayOn)
{
	timeoutId=setTimeout(function(){play()}, 3000);
}

и если на последнем слайде, при включенном автоПлее необходимо будет перейти на первый слайд, тогда код в том кадре немного измените, например
код последнего слайда, для перехода на первый

stop();
if(autoplayOn)
{
	timeoutId=setTimeout(function(){gotoAndStop(номер первого слайда)}, 3000);
}

Работает ли это всё корректно я точно не знаю, но по идее должно.