[samana]

Обход выполняется, просто в массиве нет данных, а лишь 5 пустых, зарезервированных мест.
Если вы создаёте массив именно так new Array(5), и если в скобках находится лишь одно число, то создаётся массив длинной равной этому числу, с пустыми значениями (undefined). Вы можете это легко проверить, написав

trace(ar.length)

Если бы в скобках было чисел больше чем одно, то тогда бы массив создался именно с этими двумя значениями, как и ожидалось.
Лучше создавайте через квадратные скобки, чтобы не запутаться:

var ar:Array = [5];
for each(var index:Number in ar) {
	trace(1);
}