[PainKiller]

Вообще то вам уже написали как это сделать, дублирую еще раз:

private var lc:LocalConnection = new LocalConnection()
 
try
{
      lc.connect ("Main");
      //запускаемся как обычно
      initApp();
}
catch (e:Error)
{
      //запущена 2я флешка, блокируем приложение
     blockSWF();
}

где в функции blockSWF() можно, например выводить попап блокирующий экран приложения. Правда я немного погуглил, и нашел что у этого решения бывают проблемы, но можно поэкспериментировать.