На будущее, если кто то будет читать !
Мне помогло следующее : выставить smoothing ПОСЛЕ перерисовки
Код AS3:
var out:Bitmap = new Bitmap( sourceBitmapData, PixelSnapping.AUTO );
out.width = Math.floor(_innerBounds.width);
out.height = Math.floor(_innerBounds.height);
out.smoothing = true;