[ZackMercury]

2) Код внутри мувиков можно оставить. Код на главной линии времени(MainTimeline) нужно убрать.
Вся основная анимация будет в классах.
3) Ничего с ними не делать, их там попросту нет и не должно быть.

Если хотите научиться чему-то, возьмите книжку Колина Мука по ActionScript 3.0.


P.S. Можно и оставить код на главной линии времени, поменяв Main extends Sprite на Main extends MovieClip, но надо от этого отучаться.