[illuzor]

in4core, при чём тут вообще тип сборки? Он на это не влияет никак.

А вот кнопочная панель есть, причем вообще не видна ( черный квадрат).

Вот это явный косяк вашего приложения. Надо ловить ресайз сцены и подгонять содержимое экрана.