Попробуй читать вот так:
Код AS3:
var text:String = standardOutput.readMultiByte(event.bytesTotal, "windows-1251");
ну или
var text:String = standardOutput.readMultiByte(event.bytesLoaded, "windows-1251");
С неправильной кодировкой сайтов прокатывает на ура, если грузить не как текст, а как байт массив