1.
$aData = array( array ( 0, 1, 2 ), array( 3,4,5), array( 6,7,8) );
for ( $row=0; $row < 3; $row++ ) {
for ( $col =0; $col<3, $col++ ) {
$myresult = $aData[$row][$col];
}
}
в простейшем случае.
или же foreach(...) если у тебя ассоциативные массивы, и т.д. и т.п.
2. А что значит массив с файлами?
Какая структура его?
есть такая функция sort( $aData ), сортирует одномерный массив