Был у меня вариант... ничего серьезного но тоже заставил мозги поднапрячься....
Было во фреймах две страницы, на одной из них была полноразмерная "резиновая" таблица... так вот растояние таблицы от края при просмотре этой страницы отдельно и при просмотре во фрейме ....было разное!!!
При том что у меня стоял IE6. Примерно твой случай благо бэкграунд был равномерный....