[F_Flash]

Не понятно что такое псевдо 3-d , в любом случае 3-d (спомощью z координаты ты и узнаешь размер объекта), Если как ты говоришь, у тебя все молекулы одинакового размера и изменяются, в размерах только за счет удаленности, то сортируй их по _xscale, а затем swapDepth, для 30 штук это фигня, нифига тормозить не будет....