[DeliMIter]

Я сталкивался, еще под пятым, но я тогда не понял, с чем именно. Та же самая ситуация была. Но там не было необходимости менять глубину, я просто вынес нужный мне клип на верхний слой. А тебе могу посоветовать два пути:

1. Перед переходом возвращать смещенные клипы на их места...
1а. ..записывая текущее положение и восстанавливая после перехода

2. Все таки сделать такую вложенность, чтобы твои клипы были в таймлайне с одним фреймом, а длинные таймлайны лежали на более низких уровнях. Я уверен, что все можно решить.