Можно попытаться драгабле лайером пользоваться - даже в Dreamweaver'е етсь на сию тему стандартный скрипт, затем в этот лейер поместить флешку с параметрами окна opaque либо transparent - пример уже обсуждался достаточно активно(вот и пример работы -
http://www.sheraton-metechi.com/test/), но все это гиммор и извращения... Уж сколь проще воспользовать для этого явой, на которой таких примеров до жопы, образно выражаясь...