на счет <!--#include file="$QUERY_STRING.html" -->
$QUERY_STRING - ssi не понимает что это такое и ищет файл $QUERY_STRING.html, а вообще оно будет работать если только этот код через пхп пускать, ибо он знает что такое $QUERY_STRING

, только тогда надо добавить к файлам обрабатываемым ssi .php .
на счет второго вопроса - не знаю...