Все зависит от конкретной задачи.
Если MovieClip-ы одинакового размера, то их координатные области известны. Создаем матрицу, накладываем ее на сцену и перемещаем координаты в сцене и поинтер в массиве. Если хотим получить клип в заданной области, берем из массива имя этого клипа
Если клипы произвольной формы и размера, опять же используем разбиение экрана на подобласти для их обработки тем же hitTest-ом, чтобы не сканировать все MovieClip-ы...
Чего тут не понятного.
А.