Да не должен бы разойтись... вообще-то... Синхронизировать программно не получится - если только все делать программно, и все равно синхронизация будет только по старту, т.к. другой программно сделать нельзя, а раз так, то руками делать проще - значительно быстрее и понятней.
У тебя звуки стартуют в одном кадре но в разных слоях, правильно? Метод синхронизации start вовсе не подразумевает, что все звучащие звуки будут выравены по началу - это обеспечивается тыканьем всех звуков в одном кадре (в разных слоях). Второе - сходятся ли звуки сами по себе (проверь в CEpro или где-нить еще), попробуй послушать несколько циклов.
Еще одно. А ты уверен, что при твоем подходе масса экономится? По моим прикидкам, в твоем случае это нафик не нужно - если срастить оба трака в SF или CEpro в один, массы будет меньше.

Масса соло будет одна и та же, независимо от наличия в ней ритма

или с небольшой прибавкой. Если я ошибаюсь - поправьте меня, пожалуйста. (хинт: лучшая поправка - это пример


)