[Dendroid]

Видимо, это из-за того, что в Flash 2004 - более строгий компилятор: например во Flash MX undefined+1 = 1, а в 2004 это уже будет NaN (и еще куча подобных отличий связанных с более строгим контролем типов). При этом не зависит в какой формат swf ты компиляешь.