все просто - у тебя сначала написано:

Код:
_root.onEnterFrame = function() {
if (_root._currentframe<150) {
ArrX1[i] = _root.point1._x;
ArrY1[j] = _root.point1._y;
}
};
а потом:

Код:
_root.onEnterFrame = function() {
// when a new Photo is selected, fade out, load new image, and fade in
if (square._alpha>10 && fadeOut) {
square._alpha -= 10;
}
...
...
...
if (Key.isDown(Key.ENTER)) {
fadeOut = true;
whichpic = input;
}
};
то есть функция _root.onEnterFrame определяется дважды, и какое определение стоит последним - то и работает :)