ага. бывает.
попробуй делать полноэкранный режим или обозначь это как доп. возможность - "при потере фокуса презентацией автоматически включается пауза, чтобы вы ничего не пропустили. Также пауза включается при включении хранителя экрана." (второе не проверял, но по-идее это тоже потеря фокуса
А насчет паузы - это, скорее всего, не бага, а так задумано.