1) Шифруй xml каким-нибудь простым шифром (сложные флеш не потянет). Например, табличная перестановка+примитивный вариант lzw сжатия
2) Чтобы защитить .swf от прочтения декомпилерами, используй __bytecode__ и вдумчивое чтение flash_file_format_specification.pdf с сайта Макромедии
P.S. Разжевывать не буду, вредный я
Sapienti sat