[Штрек]

Может можно проще, но вот что первое пришло в голову -

s = "ababababab";
arr = new Array();
for (i=0; i<=s.length-1; i++) {
arr[i] = s.substring(i, i+1);
if (arr[i] == "b") {
arr[i] = "с";
}
}
s1 = arr.join("");
trace(s1);