[Dindin]

Скорее всего это связано со буферизацией flv-видео. (если у тебя стоит буфер в две секунды, то при переходе к 48-й секунде потока плеер просто не может закешировать две секунды, возвращает ошибку и перехода не происходит) Точнее без исходника сказать сложно. На всякий случай попробуй уменьшить размер буфера.