Ну да, prototype - это родовой объект, все (статичные) свойства которого наследуются экземплярами класса.
При задании свойства в прототипе не происходит копирования этого свойства в каждый экземпляр. Все экземпляры просто получают ссылку на это статичное свойство. Ключевое слово здесь - наследование.
Твой второй пример экономит память, используя принцип наследования.
Кстати, каждый экземпляр имеет свойство _proto, которое указывает на прототип класса (Class.prototype).
В статьях Дебройла есть много чего интересного по теме, посмотри на
http://www.vmstudio.com/
Но я надеюсь, что Nox еще чего-нить напишет в этом топике, тогда ты точно вникнешь : )