Создаёшь массив, каждым из элементов которого является также массив:

Код:
class_array = new Array();
for (var i=0; i<10; i++){
class_array[i]=new Array();
}
а потом заполняешь каждый из этих массивов

Код:
for (var i=0; i<10; i++){
for (var j=0; j<10; j++){
class_array[i].push(j);
}
}
вместо
class_array[i].push(j);
можно написать
class_array[i][j]=j;
вроде всё..