тебе обязательно через флеш надо делать?
если да то создаешь пустой мувик,размером с банер. в нем создаешь мувик - контейнер (назови как хош.)
после пишешь где (можно в первом кадре)

Код:
randomNumber = random( //тут пишешь сколько у тебя банеров есть)+1
_root.cont.loadMovie("banners/banner"+randomNumber+".swf");
ну и именуешь баннеры - banner1.swf banner2.swf и тд.