программные изменения - изменения, посредством кода ActionScript, они происходят, когда твой уже откомпилированный мувик запущен.
А не программные изменения - изменения сделанные в гафическом редакторе Flash до компиляции мувика.
Т.о. фраза о непрограммных изменениях, после программных изменений звучит странно (извините за каламбур
)