[PAjalnik]

1. Какая версия MAX? Начиная, с 5 эта проблема намного менее актуальна.
2. Можно попробовать подвигать высекаемый объект, незаметный сдвиг, а результат может быть намного лучше.
3. Если предстоят многочисленные вычитания, предварительно лучше заатачить все объекты, что бы оставалось только 2 операнда. (Либо на уровне сетки или Connect).
4. Попробовать воспользоваться плугином PowerBooleans (Дает намного меньше ошибок).
5. После неудачного вычитания переходить на уровень редактирования сетки и вручную добавлять ребра или наоборот (что чаще) удалять лишнии.