Проблема не в свойствах класса.
В конструкторе класса ты передаешь один и то же массив всем экземплярам.
Заметь, что все экземпляры Object, в том числе и Array, в любую функцию, в
том числе и конструктор класса, передаются по ссылке, а не по значению.
В результате каждый экземпляр твоего класса ссылается на один и то же массив.
Массивы и др. объекты нужно копировать, если ты хочешь иметь их независимые копии в каждом экземпляре.

Код:
some_array=new Array();
some_object=new Object();
class some_class{
private var _array:Array;
private var _object:Object;
function some_class(some_array, some_object){
var i=0;
var num=some_array(length);
_array=new Array();
for(i=0; i<num; i++){
_array.push(some_array[i]);
}
var prop;
_object=new Object();
for(prop in some_object){
_object[prop]=some_object[prop];
}
}
}
em1=new some_class(some_array, some_object);
em2=new some_class(some_array, some_object);
Так будет работать - em1 и em2 будут иметь разные значения в своих свойствах.
По значению передаются только Boolean, Number и String, все остальное - по ссылке