Можно.
Только в НТМЛ. Прозрачный фон будет если флешка вставлена в НТМЛ-файл, по другому нет. Для того чтобы флешка вставлялась в НТМЛ с прозрачным фоном:
publish settings-html-winwow mode-transparent windowless.
Или в html-коде, в теге <object>:
<param name="wmode" value="transparent" />