[mr.N]

Меняешь альфа канал вручную или скриптом (если скриптом-может, проблема в коде).
Экспорт куда (или во что)?
Глючит, тормозит и прочее из-за сильной нагрузки процессора. Нельзя одновременно менять альфу, скажем, у 10 картинок, накладно... Нужно как-нибудь по-другому сделать.
А лучше бы исходник выложить...